В письме от 25.02.16 № БС-3-11/763@ ФНС разъяснила, что ИП, который ведет деятельность с применением УСН, перечисляет НДФЛ с доходов, выплачиваемых работникам, нанятым для данной деятельности, в бюджет по месту жительства ИП.
Перечисление НДФЛ с доходов работников зависит от системы налогообложения ИП
С доходов, выплачиваемых работникам, занятым в деятельности на ЕНВД, НДФЛ перечисляется в бюджет по месту учета ИП в связи с осуществлением такой деятельности. Налоговые агенты - ИП, которые состоят в налоговом органе на учете в связи с применением ЕНВД, представляют расчет 6-НДФЛ в отношении своих работников, нанятых для такой деятельности, также в налоговый орган по месту своего учета в связи с такой деятельностью.
Если физлицо совмещает исполнение обязанностей по трудовому договору и получает доходы, относящиеся к двум режимам налогообложения (УСН и ЕНВД), то НДФЛ с доходов в части применения УСН, должен перечисляться в бюджет по месту жительства ИП, а с доходов в части применения ЕНВД, - в бюджет по месту учета ИП в связи с ЕНВД.
ИП обязаны вести раздельный учет доходов, полученных по каждому из видов предпринимательской деятельности.