В письме от 25.10.15 № 03-11-06/3/61231 Минфин напомнил, что ЕНВД применяется в отношении отдельных видов деятельности (например, розничной торговли через магазины и павильоны с площадью торгового зала не более 150 кв. м по каждому объекту).
Один налог - один вид налогообложения
Организации или ИП, которые ведут предпринимательскую деятельность в нескольких городских округах или муниципальных районах, на нескольких внутригородских территориях Москвы или Санкт-Петербурга, на территориях которых действуют несколько налоговых органов, ставятся на учет в качестве налогоплательщиков ЕНВД в налоговом органе, на подведомственной территории которого расположено место ведения деятельности, указанное первым в заявлении о постановке на учет.
УСН применяется в отношении всей деятельности организации или ИП в целом независимо от видов деятельности и количества объектов, а не в отношении отдельных видов деятельности.
Организации и ИП, перешедшие в соответствии с главой 26.3 НК на уплату ЕНВД по одному или нескольким видам деятельности, вправе применять УСН в отношении иных осуществляемых ими видов предпринимательской деятельности.
В отношении одного и того же вида деятельности (например, розничной торговли через магазины с площадью торгового зала не более 150 кв. м), который ведется на территории нескольких муниципалитетов (в том числе в разных субъектах РФ), система налогообложения в виде ЕНВД и УСН одновременно применяться не могут.
Такие налогоплательщики вправе добровольно принять решение о переходе на ЕНВД в каждом муниципальном образовании или применять иные режимы налогообложения.